民國三十八年初國防醫學院隨政府來台後將聯勤台灣總醫院改為陸軍第一總醫院（801），成為國防醫學院的教學醫院。當時醫學院的外科學系主任是張先林教授；陸軍第一總醫院（801）的外科部主任是張恩澍醫師。39年文忠傑醫師、張先林主任將外科分科，在當年進入總醫院外科的文忠傑醫師投身一般外科。44年總醫院外科部主任由鄧樹微醫師擔任。44年，與47年文忠傑及俞瑞璋醫師先後從美國進修心臟血管外科回國。
48年文忠傑主任在總醫院從事第一例心臟手術閉鎖式二尖辦狹窄擴張術。國內首例遠端脾靜脈吻合術，治療肝硬化，合併食道靜脈曲張亦於該年完成。50年心臟血管外科正式成立，由俞瑞璋醫師擔任主任。51年俞主任完成國內第一例開心臟手術：心房中膈內修補術。56年三軍總醫院（三總）正式由第一總醫院改組成立，首任院長：鄧樹微醫師，首任外科部主任文忠傑醫師（62年退休）。58年學院外科學系張主任去世。
60-62年三總心臟外科主任改由俞紹基醫師擔任。俞主任出國至紐約州立大學進修，回國後，推廣血流動力學，血中電解質酸鹼平衡教學，奠定心臟血管手術基礎，並完成脾切除，近端脾靜脈吻合術，治療肝硬化病人。65年三總心臟血管外科改由鄭敏盛醫師擔任主任。完成國內首例Fontana手術。67年國內首先使用心臟麻痺液於開心手術。
69年開始使用膜性氧合器—減少體外循環血球破壞。69—70年魏崢醫師由國防學院選送至美國哥倫比亞大學進修，獲博士學位。
71年心臟血管外科改由魏崢醫師擔任主任。回國後，心臟手術增加，冠狀動脈手術成果矚目。73年實施剝離性主動脈瘤手術成功，並使用血管壁內人工血管，使成功率提高85％。73年開始用深度降溫，停止全身循環，改進先天性心臟病手術。此外，也開始對心律不整病人，實施手術時第一次引用主動脈內氣囊幫浦，使冠狀動脈疾病合併嚴重心臟功能不全症，有進一部療法，並在度過危險期，得以接受冠狀動脈繞道手術。該年首度成功以Mustard及Raster等手術，有效治癒大血管轉位症病人。魏主任在75年開始利用人類新鮮主動脈移植手術，治療複雜行先天性心臟病。他也在76年開始使用下腔靜脈過濾器，防止下肢栓塞患者，發生嚴重致命之肺栓塞症。首創以鎖骨下靜脈穿刺法，使永久性心臟節律器之置換手術簡化，並首度於國內成功裝置DDD心臟節律器。76年開始從事豬心移植實驗，76年開始實施肺動脈栓塞去除術，77年在衛生署同意下，開始人體心臟移植。77年開始主動脈瓣置換術併冠狀動脈重植術（Bentall）。78年首度對大血管轉位症病人，實施完全校正手術（Jatene）。
79年魏崢擔任外科部主任，他開始利用Hetastarch來代替白蛋白，於體外循環中增加滲透壓，減少心臟手術之併發症。次年魏主任也開始實施完全肺靜脈回流異常等較複雜之先天性心臟病手術，首度開始經右心房及三尖瓣和肺動脈切開進行心室中膈缺損之修補，不再經右心室切開術來完成此類手術，以避免右心室切開之缺點。
80年魏崢主任當選第二十八屆十大傑出青年，與俞瑞璋主任前後輝映，相得益彰。他與工研院化工所研發一抗血栓性材質之PU人工血管。81年從事末期心衰竭外科治療的研究，在動物身上成功的將疲乏肌（Fatigue muscle fiber）轉型成為非疲乏肌（Non-fatigue muscle fiber）。82年全年所有冠狀動脈繞道手術死亡率降至3％。由於換心團隊的努力，使心臟移植手術第一年之存活率高達94﹪以上，同時提高全國一年之存活率為80％，心臟移植手術才得以脫離人體試驗的範疇。由於優良之醫療成果，促使勞保局同意以保險支付心臟移植手術。魏崢主任服務期滿20年榮退，轉任財團法人振興復健醫學中心外科部主任，次年升任該院醫療副院長，85年1月接任院長。
魏主任退休後心臟血管外科主任由李芳艷醫師擔任，84年於開心手術中，首度使用血性心肌麻痺液灌注法保護心臟。95％以上之開心手術，心臟缺血後，重新血流灌注時，都能自行恢復正常竇性心跳節律，不需要如以往常規實施心臟去顫電擊術，因此大大提升高難度個案手術成功率。他也首度在低溫下全身循環停止，使用逆行性腦部灌注法，大大提高主動脈病人行主動脈重建手術之安全性及成功率。85年首度利用內視鏡輔助開心手術，成功完成二尖瓣置換，傷口小，恢復迅速，不必像傳統手術需切開胸骨，手術時視野良好。首度經左乳下小切口，於心臟跳動及不使用心肺機體外循環下，成功完成迷你冠狀動脈繞道手術。在李芳艷主任領導主持，成功完成本院第59例心臟移植手術。86年於開心手術中，首度全面改用離心式幫浦（Centrifugal pump），減少過去使用滾軸式幫浦（Roller pump）帶來之溶血等合併症。他於開心手術中，盡量以不輸血為原則，針對冠狀動脈繞道手術，先天性心臟病手術，等病人研究，90％開心手術，不需輸血。85％不需術中或術後，使用強心劑，減少因手術輸血而引發感染之機會。86年成功完成本院第60例心臟移植手術。87年成功完成本院第61例心臟移植手術。87年李芳艷主任榮退。
88年起由蔡建松醫師領導心臟血管外科，他於88年開始跳動式冠狀動脈繞道開心手術，90年10月引進心臟二氧化碳雷射洞穿心肌儀（TMR），91年引進內視鏡取血管手術(Endoscopic Vein Harvesting)以小傷口方式造福冠狀動脈繞道手術病人，93年引進新式心率不整手術燒灼系統(Microwave ＆ Radiofrequency surgical ablation system)以治療心律不整病人。93年引進維納斯電燒灼靜脈閉鎖治療系統(VNUS closure)以小傷口美容手術方式取代傳統大傷口方式治療靜脈曲張病人。93年引進高科技達文西外科手術系統(Da Vinci surgical system)以小傷口美容手術方式取代傳統大傷口方式治療心臟病人。 94年通過國防醫學院外科學系專任副教授。95年升任心臟外科主任 。95年引進目前衛生署唯一核可之人工心臟--Thoratec Ventricular Assist Device(VAD) system。96年引進主動脈支架系統（Aortic Stent System）手術之高科技醫療技術與裝備，於96年12月完成首例腹主動脈支架系統置放（EVAR），98年4月完成首例胸主動脈支架置放手術。99年4月引進積極引進腸骨靜脈血管支架置放術治療下肢水腫病人。積極精進心臟移植技術，自91年迄今又成功完成65例心臟移植手術。99年8月蔡建松主任通過教授資審並於100年6月榮升外科部主任。
105年起由蔡宜廷醫師擔任科主任至111年3月由柯宏彥醫師擔任科主任，目前心臟外科推動達文西機器手臂心臟手術，發展微創心臟瓣膜手術，經導管主動脈瓣置換手術(TAVR)，及第三代攜帶式輕便長久型心臟輔助器(HeartMate III)置放，領先國內各醫學中心。
