軍醫學校(國防醫學院前身)於民國8年選派醫科第一期陳輝赴日本進修病理學，為本校病理學創建發展之最早人員。對日抗戰時期因戰火蔓延，軍醫學校由南京南遷，輾轉遷徒駐定於貴州安順，在醫科基礎醫學部門有病理學系及病理實驗室，孔錫鯤為主任，其下有教官陳履告、何凱宣、李志上等。
抗戰勝利復員上海，民國36年6月，軍醫學校與陸軍衛生勤務訓練所合併改組為國防醫學院，兩機構人員隨同改隸。陸軍衛生勤務訓練所成立於抗戰之初期，在軍醫科之下有病理學系，編制11員，系主任林飛卿，主任教官葉天星，副教官陳鴻珊，助教方繩武，佐理員林建平、洪高實，皆隨同改編國防醫學院。
國防醫學院由上兩大軍醫教育訓練機構改編成立而為醫學中心。醫科之組織，除醫學前期教育各學系外，有病理學系、內科學系、外科學系。學系之下皆設若干學組。病理學系編制47員，下設病理學組、實驗病理學組、病理化學組、寄生蟲學組、細菌學組。系主任孔錫鯤，病理部門有17員。
民國38年國防醫學院遷台，編制裁減，設16個學系。醫學生物形態學系，系主任許雨階，下分三個學組：納細菌學組、寄生蟲學組及病理學組於一系。病理學組編制19員，遷台之初人員多未羅致，禮聘葉曙教授主持病理學組，以朱邦猷、杜炎昌為主幹，助教則多為他系借缺補用或兼職，佐理員仍為劉夢熊、朱延慶、何錫熊等。
民國40年12月，國防醫學院復奉令裁減編制員額，各學系皆不設學組。醫學生物形態學系21員，設主任教官2員，教官5員，分司細菌學、寄生蟲學、病理學之教學。有助教6員，技士及佐理員7人。系主任許雨階，時主持病理學教學者為朱邦猷、杜炎昌。民國42年，國防醫學院選送朱邦猷赴美國華盛頓大學醫學院進修，是培養專業師資之始，迨其學成返國，病理學乃日漸茁壯，此後有劉宏璋、崔靜亞、朱康初等加入，人材更加充實。
民國61年時國防醫學院現職教員名錄記載，醫學生物形態學系病理學教學人員，除上列舉出數員外，尚有助教江宏、黃宏隆、張溟滄等，而民國48年榮民總醫院籌設之始，朱邦猷即為之設立病理部及訓練人員，開辦後並兼任病理部主任。
民國67年2月，國防醫學院以現行編制員額調整編組，由原14個學系改編為22個學系，醫學生物態學系從此改編，分別成立微生物學系、寄生蟲學系及病理學系。病理學系主任杜炎昌。
民國68年，三軍總醫院改隸為國防醫學院直屬教學醫院，國防醫學系擴增為28個學系，以配合醫院作業。民國72年，國防部並規定國防醫學院之臨床學科與教學醫院相對之診療部科合併作業，人員統一運用，醫學系所屬之臨床學科主任兼教學醫院相對之診療部科主任，使教學醫療合一。同時，原稱學系之教學單位均改稱為「學科」，自此病理學系改稱病理學科，於三總編制為病理部。病理部之下規劃為外科病理科、一般病理科、臨床病理科、實驗病理科、細胞病理科及電鏡診斷科。
歷任系（科）主任：杜炎昌、張溟滄、呂福江、曾暉華、李偉華、陳安、許來發、于承平、李恒昇、陳安至現任趙載光。本學科擔任教學課程為大學部之醫、牙、藥、護、公共衛生等學系及擔任醫院之住院醫師與實習醫師之訓練及病理研究所研究生之病理學教學。
病理學科研究項目在科技部(國科會)、衛生署、國防部及三總民診基金專題研究計畫資助下在進行中的主題，皆向創新之科技發展而研究成果亦皆發表在國際著名醫學雜誌。
國防醫學院於遷台後開始法醫學人才養成，相關教學聘請葉昭渠教授兼任，民國66年以後則由台大方中民教授兼任。後有生物解剖學科教官蕭開平於民國80年自美修畢博士回國，有志於法醫，派病理學科受訓，並接受方教授之指導，從事教學及相關業務工作。蕭開平醫師有形態人類學及藥理毒物學之背景，其對於台灣法醫發展佔有地位。另外國防部亦於民國85年7月1日由軍法局、軍醫局及三軍總醫院成立國軍法醫中心，績效卓著。
本部目前人員：部主任趙載光、主治醫師聶鑫、陳安、于承平、高鴻偉、彭奕仁、蔡文銓、林佑俊、簡惠萍、李耀豐(赴英國進修博士學位)、商弘昇、楊秉恆與林信仲，住院醫師廖宜恕、賴美儒、劉念慈、楊翊弘等。